個稅抵扣申報如果選擇通過扣繳義務人申報，那么就是由公司進行代扣，這時候公司確實是可以查詢到申報人配偶的信息。如果選擇綜合所得年度自行申報，這種情況是有申報人自己去辦理匯算清繳，這時候公司是無法查詢到個人配偶信息的。

如果比較注重隱私，可以選擇綜合所得年度自行申報。但這種方式的缺點在于，需要次年3-6月自己去稅務局柜臺辦理結算，并且每個月都無法獲得個稅抵扣優惠。