目前，個稅專項附加扣除申報方式有扣繳義務人申報和綜合所得年度自行申報兩種。

扣繳義務人申報

扣繳義務人申報是按月來進行個稅專項附加扣除的，由單位財務人員進行操作，納稅人在取得收入的當月就可以享受稅收優惠，比較適合收入來源比較單一的納稅人。

綜合所得年度自行申報

綜合所得年度自行申報是先將個人所得稅進行扣除，然后在來年由納稅人自行前往當地稅務部門辦理個稅專項附加扣除申報，然后由稅務部門辦理退稅。一般來說，綜合所得年度自行申報比較適合收入來源比較廣泛的人。