自助存取款機不可以跨行存錢。目前所有銀行的ATM均不支持跨行存錢，只支持跨行取錢和轉賬。取錢的手續費是按照筆數收取，而不是按照金額比例收取，有的是每筆1元，有的每筆2元。轉賬費用按照金額分檔次收取，各家銀行規定不一。

ATM銀行與銀行之間沒有開通存款相容的業務，所以ATM只能本行存本行的，有些銀行ATM也不能跨省跨地區存只能存本地區的。中國銀聯2015年6月8日宣布，ATM跨行轉賬業務已在全國所有銀行開通，持卡人可在任意銀行ATM機上，用任何一張銀聯卡向其它銀聯卡跨行轉賬，限額是每天50000元。

部分銀行自動存取款機可以跨行轉賬。本人帳戶轉賬無限額，本行轉賬及跨行轉賬的規定是：當日累計轉賬最高限額設為50000元，但若超過人民幣5000元的交易，需持本人身份證及卡片到柜臺簽訂大額轉賬協議。目前大部分銀行ATM機跨行轉賬收費標準，比柜臺轉賬略低，但比網銀、手機銀行轉賬收費要高。